Stránky

Denný sumár pomocou pandas

Majme namerané dáta pomocou viacerých prístrojov. Konkrétne pomocou glukomera, inzulínovej pumpy, kontinuálneho monitora glukózy (CGM systému) a k tomu samozrejme ručne vedené záznamy o príjme sacharidov. Ako príklad uvažujme dáta za jeden deň.

Inzulínová pumpa zaznamenáva dávkovanie inzulínu, kokrétne bolus [U] a rýchlosť podávania bazálnej dávky inzulínu [U/h]. Kontinuálny monitor glukózy (správne nastavený a nakalibrovaný) zaznamenáva tzv. glukózu zo senzora [mmol/l], ktorá zodpovedá glykémii. Glukóza zo senzora je zaznamenaná každých päť minút počas celého dňa, t.j. 288 záznamov za deň. Množstvo prijatých sacharidov je zaznamenané ručne do denníka v sacharidových jednotkách [SJ] (1 SJ = 10 g sacharidov). Glukomer, samozrejme, zaznamenáva glykémiu [mmol/l] zistenú z kvapky krvi z prsta (väčšinou). Ku všetkým týmto údajom vo všeobecnosti prislúcha čas. Všetky údaje sú v tvare:

dátum, čas, hodnota údaja

Pre self-monitoring je výhodné mať všetky tieto údaje zobrazené (vhodnou formou) na jednom mieste. Pre jeden deň tak získame tzv. Denný sumár - pomôcku pre rozhodovanie. Niekedy (možno často) je problém dostať všetky uvedené dáta na jedno miesto. Nie neriešiteľný problém, ale často si riešenie vyžaduje až odrádzajúco veľa práce.

V tomto prípade boli údaje zaznamenané nasledovne. Ručne vedený denník v tvare tabuľky:

DátumČasGlykémia [mmol/l]Sacharidy [SJ]Inzulín (bolus) [U]
7.4.20148:004,04,0
7.4.20148:049,0
7.4.201411:1812,4
7.4.201412:003,53,0
7.4.201418:003,0
7.4.201418:1712,84,0
7.4.201421:001,0

Ďalej poznáme štandardný denný profil bazálneho inzulínu (pre každý deň rovnaký, alebo zmeny v bazále sú zanedbateľné, akokoľvek, aj tak o zmenách nevieme), v tomto prípade:

ČasBazál [U/h]
0:001,10
1:001,10
2:001,00
3:001,10
4:001,10
5:001,10
6:001,40
7:001,40
8:001,30
9:001,45
10:001,40
11:001,50
12:001,50
13:001,40
14:001,35
15:001,40
16:001,45
17:001,50
18:001,50
19:001,35
20:001,10
21:001,10
22:000,99
23:000,99

Nakoniec máme dátový CSV súbor z CGM systému. V podstate máme tri dátové súbory, ktoré spolu obsahujú časový priebeh piatich veličín.

Úlohou je spracovať tieto dátové súbory tak, aby všetky dáta boli na jednom mieste v rovnakej forme. Potom je ich možné triediť, vyberať časové úseky, exportovať do samostatných tabuliek, počítať priemery atď atď. V neposlednom rade graficky zobraziť (a oveľa viac samozrejme). V tomto prípade je základom spracovania knižnica pre Python s názvom Pandas.


Výsledkom je denný sumár, ktorého obrázok nasleduje:

Príspevok o ničom... ale na tomto všetkom ma najviac teší, že tento obrázok je nakreslený tak, že písmo v obrázku je rovnaké ako písmo použité na tomto blogu (máj 2014). Výmena defaultného písma za iné asi nie je nakódená tak ako by mala byť, ale aj tak...

MT

21. 5. 2014