Stránky

Farmakokinetika a farmakodynamika inzulínu - časť 2.

Vynechajme asi milión detailov a najmä na základe [1] modelujme dynamiku vstrebávania do krvi podkožne podaného inzulínu nasledovne. Vstupom modelu je rýchlosť podávania inzulínu do podkožia $v(t)$ [$\mu$U/kg/min]. Výstupom modelu je koncentrácia inzulínu v krvi $I(t)$ [$\mu$U/ml].


Model je daný v tvare $$  \begin{align}  
\dot S_1(t) &=  - \left( \frac{1}{t_I} \right) S_1(t) + v(t) & & S_1(0) = S_{1b} \\
\dot S_2(t) &=  - \left( \frac{1}{t_I} \right) S_2(t) +  \left( \frac{1}{t_I} \right) S_1(t) & & S_2(0) = S_{2b} \\
\dot I(t) &=  - k_I I(t) +  \left( \frac{1}{t_I} \right) \left( \frac{1}{V_I} \right) S_2(t) & & I(0) = I_b
\end{align}$$ kde $S_1(t)$, $S_2(t)$ [$\mu$U/kg] sú ostatné stavové veličiny systému, $t_I$ [min] je časová konštanta vstrebávania, $V_I$ [dl/kg] je objem, do ktorého sa inzulín distribuuje na kg telesnej hmotnosti a $k_I$ [1/min] je rýchlosť prirodzeného strácania sa inzulínu. Index ${}_b$ značí bazálnu (ustálenú) hodnotu.

Koncentráciu inzulínu modelujeme v [$\mu$U/ml] a farmakokinetiku máme nameranú v [pmol/l]. Platí 1 U = 6000 pmol, preto 1/6 [$\mu$U/ml] = 1 [pmol/l], viď obrázok:



V opise merania farmakokinetiky v článku [2] sa píše, že dávka inzulínu bola 0,2 [U/kg]. Pre určenie absolútnej dávky inzulínu teda potrebujeme poznať hmotnosť subjektu. V článku [2] sa uvádza len, že subjekty boli muži a ich $\text{BMI} = 23,6 \pm 2,2$ [kg/m${}^2$]. Meranie prebehlo v USA a podľa Wikipedie má priemerný muž v USA výšku 1,763 m. Z toho vyplýva priemerná hmotnosť subjektov 73,35 kg. Zaokrúhlime to na $BW = 75$ [kg]. Celková dávka inzulínu teda je $0,2 \cdot 75 = 15$ [U] (t.j. 15 000 000 $\mu$U).

Pätnásť jednotiek je podaných hneď na začiatku merania farmakokinetiky a dávka je podaná v priebehu krátkeho času. Budeme uvažovať periódu vzorkovania $T_S = 5$ [min]. „Krátky čas“ je preto 5 minút. Vstup do modelu je v [$\mu$U/kg/min]. Po uvážení všetkého známeho vieme určiť rýchlosť podávania inzulínu takú, že za jednu periódu vzorkovania zodpovedá množstvu 15 U. Označme ju $v_{B}\delta(t) = \frac{15000000}{BW \cdot T_S} = 40000$ [$\mu$U/kg/min] (pričom signál $v_{B}\delta(t)$ na teraz „trvá“ jednu periódu vzorkovania).

predchádzajúcej časti sme určili bazálnu koncentráciu inzulínu $I_b = 39$ [pmol/l] $= 6,5$ [$\mu$U/ml]. Pre ustálený (bazálny) stav modelu platí $$ \begin{align} S_{2b} &= \frac{k_I \cdot I_b}{ \frac{1}{t_I} \frac{1}{V_I} } \\
S_{1b} &= S_{2b} \\
v_b & = \frac{1}{t_I} S_{1b}
\end{align}$$ Bazálna koncentrácia inzulínu $I_b$ zodpovedá bazálnej rýchlosti podávania inzulínu $v_b = 110,838$ [$\mu$U/kg/min] čo je mimochodom 0,499 [U/h].

Celkový vstup do modelu potom je $v(t) = v_b + v_B \delta(t)$, kde $\delta(t)$ [1/min] je aproximácia Diracovho impulzu pre danú periódu vzorkovania pričom impulz začína v čase podania inzulínu a $v_B = 40000$ [$\mu$U/kg].

Úlohou je nájsť parametre modelu tak, aby sa výstup modelu zhodoval s nameranou farmakokinetikou. V tomto prípade som nepoužil žiadnu slušnú metódu pre hľadanie parametrov (pretože som lenivý, hanba mi) a „od oka“ som modifikoval pôvodné parametre v [1] (hovorme tomu kvalifikovaný odhad). Použité parametre
$$ \begin{align*} t_I &= 51,642 \text{[min]} \\
k_I &= 0,196 \text{[1/min]} \\
V_I &= 87 \text{[ml/kg]}
\end{align*}$$
Výsledok simulácie je na nasledujúcom obrázku:


Celkom dobre takto od oka...

Referencie

[1] Pau Herrero, Pantelis Georgiou, Nick Oliver, Monika Reddy, Desmond Johnston, Christofer Toumazou. A composite model of glucagon-glucose dynamics for in silico testing of bihormonal glucose controllers. Journal of Diabetes Science and Technology, July 2013, Volume 7, Issue 4: pages 941-951
[2] S. R. Mudaliar, F. A. Lindberg, M. Joyce, P. Beerdsen, P. Strange, A. Lin, and R. R. Henry: Insulin aspart (B28 asp-insulin): a fast-acting analog of human insulin: absorption kinetics and action profile compared with regular human insulin in healthy nondiabetic subjects. Diabetes Care September 1999 22:9 1501-1506; doi:10.2337/diacare.22.9.1501 1935-5548

MT

30. 5. 2014

Farmakokinetika a farmakodynamika inzulínu - časť 1.

V článku autorov Mudalair a kol. sa píše o Inzulíne aspart (Novorapid). Popisuje sa tam spôsob a výsledky merania farmakokinetiky (FK) a farmakodynamiky (FD) tohto rýchlo účinkujúceho inzulínu. Porovnáva sa účinok pre rôzne miesta podkožného podania inzulínu. Zaujímajme sa len o prípad subkutánnej injekcie do abdominálnej steny.

Spôsob merania FK a FD inzulínu

Zjednodušený opis spôsobu merania FK a FD je nasledovný. Máme subjekt bez diabetu. Necháme subjekt pár hodín bez jedla aby sa glykémia ustálila na bazálnej hodnote. Podáme inzulín. Následne pravidelne odoberáme vzorky krvi. Zo vzoriek určujeme koncentráciu inzulínu v krvi a glykémiu. Informácia o glykémii je potrebná pretože zároveň celý čas od podania inzulínu podávame do krvi glukózu tak aby sme udržali glykémiu na pôvodnej bazálnej hodnote. Zaznamenávame rýchlosť prísunu tejto glukózy.

Farmakokinetika je jednoducho nameraný časový priebeh koncentrácie inzulínu v krvi. Nameraný časový priebeh rýchlosti podávania glukózy je v tomto prípade farmakodynamika.

Ak by sme nepodávali glukózu do krvi externe, glykémia by po podaní inzulínu klesla. Možno až život ohrozujúco - v závislosti od dávky inzulínu. Podávaním glukózy do krvi tak aby sme udržali glykémiu konštantnú vlastne meriame ako rýchlo sa vplyvom inzulínu stráca glukóza v krvi. Priebeh rýchlosti „strácania sa“ glukózy je farmakodynamika.

Dáta pre model

Aby sme mohli vytvoriť model podľa nameranej FK a FD uvedenej v článku potrebujeme dáta uvedené v článku. Konkrétne dáta z Figure 1A a z Figure 2A. Odčítať z grafu jednotlivé body nie je zásadný problém. Avšak obrázky v publikovanom pdf sú bitmapy. Preto obkreslíme bitmapovú čiaru vektorovou čiarou (v Inkscape v tomto prípade). Potom ľahko získame súradnice bodov vektorovej čiary. Výsledky:

Obr. 1. Prevzaté z [1], Figure 2. Červená čiara je vektorizácia pôvodnej (v tomto .png samozrejme nie...)

SVG dáta čiary (svg m path) obkreslujúcej pôvodné dáta farmakokinetiky sú:
m 32.829958,221.39497 6.818529,-30.80965 6.060916,-67.42769 6.060915,-60.104072 6.565992,-26.263966 6.060915,3.535534 6.565991,1.262691 9.343911,6.313453 9.848988,16.162441 9.343911,16.162441 9.848984,19.697974 18.68783,33.082494 18.68782,30.30458 18.94036,20.20305 18.43528,13.38452 18.94036,9.09137 18.94036,5.80838 18.94036,4.29315 18.68782,4.04061 18.94036,1.51523 18.94036,1.26269 19.1929,1.01015 18.67432,0.49929 18.92858,1.42857 19.10714,0.35715 18.57143,-0.17857 18.75,0.53571


Obr. 2. Prevzaté z [1], Figure 1. Červená čiara je vektorizácia pôvodnej (v tomto .png samozrejme nie...)

SVG dáta čiary obkreslujúcej pôvodné dáta farmakodynamiky sú:
m 38.00699,235.4368 6.69226,-1.894 5.808377,-20.83439 6.060916,-36.61803 6.060915,-57.83124 6.313453,-43.43656 6.313454,-4.67195 9.091373,-29.4207 9.596449,2.39912 9.596453,-15.02602 9.47018,8.58629 8.9651,3.03046 9.59645,-6.18718 9.21764,11.99556 9.59645,6.18718 8.9651,19.1929 9.47018,12.62691 9.47018,2.14657 9.47018,6.43973 8.83884,23.86485 9.09137,16.92005 9.84899,14.89975 9.47018,12.37437 9.47018,10.48034 8.83883,6.43972 9.34392,12.37437 9.34391,6.18718 9.09137,8.08122 10.10153,2.27285 9.09137,3.15672 8.83883,2.27285 9.59645,4.41941 9.97526,2.27285 8.5863,1.38896 9.47018,1.51526 9.34391,3.4092 9.59645,1.5153 8.58629,2.0203 9.97526,0.7576 9.09137,1.1364 9.72272,-0.6313 8.83883,0.7576 9.47018,-0.7576

Ako naschvál sú tie obrázky v pdf-ku v takom nízkom rozlíšení, že sa nedajú poriadne prečítať čísla značiek na osiach grafu.

Vieme, že x-ová os (časová os) má rozsah 0 až 600 minút. V Table 1 v [1] sa uvádza, že max hodnota FD profilu je $C_{max} = 813 \pm 23$ [mg/min]. V čase 0 môžme považovať hodnotu FD za nulovú. Max. hodontu FD uvažujme 813 mg/min. V Table 2 v [1] sa píše, že max. hodnota FK je $C_{max} = 501 \pm 111$ [pmol/l]. Prvá číslica na nečitateľnej osi FK grafu vyzerá ako 50. Preto povedzme, že v čase 0 je hodnota FK prfilu rovná 39 pmol/l a maximálna hodnota je 501 pmol/l.

Na základe uvedeného môžme dáta získané vektorizovaním pôvodného grafu previesť na dáta, s ktorými sa dá pracovať ďalej. Výsledok (grafy a tabuľky):
Tabuľka 1.

čas [min]FK [pmol/l]čas [min]FD [mg/min]
0.00039.0000.0000.000
10.826122.61410.7547.427
20.450305.60620.08889.123
30.073468.72229.828232.710
40.499540.00039.567459.479
50.122530.40549.713629.803
60.548526.97859.858648.122
75.384509.84474.467763.487
91.022465.98189.888754.080
105.858422.118105.309813.000
121.496368.659120.528779.331
151.168278.877134.934767.448
180.841196.633150.355791.709
210.914141.804165.167744.672
240.185105.480180.588720.411
270.25880.807194.995645.152
300.33265.044210.213595.639
330.40553.393225.431587.222
360.07742.427240.649561.970
390.15138.315254.853468.391
420.22434.888269.462402.044
450.69832.146285.289343.619
480.34930.791300.507295.096
510.40326.914315.725254.000
540.74225.945329.929228.749
570.22926.430344.944180.226
600.00024.976359.959155.965
374.569124.277
390.802115.365
405.411102.986
419.61494.074
435.03676.745
451.06567.832
464.86362.386
480.08156.444
495.09643.076
510.51737.134
524.31529.212
540.34526.242
554.95421.785
570.57824.261
584.78221.290
600.00024.261

Referencie

[1] S. R. Mudaliar, F. A. Lindberg, M. Joyce, P. Beerdsen, P. Strange, A. Lin, and R. R. Henry: Insulin aspart (B28 asp-insulin): a fast-acting analog of human insulin: absorption kinetics and action profile compared with regular human insulin in healthy nondiabetic subjects. Diabetes Care September 1999 22:9 1501-1506; doi:10.2337/diacare.22.9.1501 1935-5548

MT

29. 5. 2014

Denný sumár pomocou pandas

Majme namerané dáta pomocou viacerých prístrojov. Konkrétne pomocou glukomera, inzulínovej pumpy, kontinuálneho monitora glukózy (CGM systému) a k tomu samozrejme ručne vedené záznamy o príjme sacharidov. Ako príklad uvažujme dáta za jeden deň.

Inzulínová pumpa zaznamenáva dávkovanie inzulínu, kokrétne bolus [U] a rýchlosť podávania bazálnej dávky inzulínu [U/h]. Kontinuálny monitor glukózy (správne nastavený a nakalibrovaný) zaznamenáva tzv. glukózu zo senzora [mmol/l], ktorá zodpovedá glykémii. Glukóza zo senzora je zaznamenaná každých päť minút počas celého dňa, t.j. 288 záznamov za deň. Množstvo prijatých sacharidov je zaznamenané ručne do denníka v sacharidových jednotkách [SJ] (1 SJ = 10 g sacharidov). Glukomer, samozrejme, zaznamenáva glykémiu [mmol/l] zistenú z kvapky krvi z prsta (väčšinou). Ku všetkým týmto údajom vo všeobecnosti prislúcha čas. Všetky údaje sú v tvare:

dátum, čas, hodnota údaja

Pre self-monitoring je výhodné mať všetky tieto údaje zobrazené (vhodnou formou) na jednom mieste. Pre jeden deň tak získame tzv. Denný sumár - pomôcku pre rozhodovanie. Niekedy (možno často) je problém dostať všetky uvedené dáta na jedno miesto. Nie neriešiteľný problém, ale často si riešenie vyžaduje až odrádzajúco veľa práce.

V tomto prípade boli údaje zaznamenané nasledovne. Ručne vedený denník v tvare tabuľky:

DátumČasGlykémia [mmol/l]Sacharidy [SJ]Inzulín (bolus) [U]
7.4.20148:004,04,0
7.4.20148:049,0
7.4.201411:1812,4
7.4.201412:003,53,0
7.4.201418:003,0
7.4.201418:1712,84,0
7.4.201421:001,0

Ďalej poznáme štandardný denný profil bazálneho inzulínu (pre každý deň rovnaký, alebo zmeny v bazále sú zanedbateľné, akokoľvek, aj tak o zmenách nevieme), v tomto prípade:

ČasBazál [U/h]
0:001,10
1:001,10
2:001,00
3:001,10
4:001,10
5:001,10
6:001,40
7:001,40
8:001,30
9:001,45
10:001,40
11:001,50
12:001,50
13:001,40
14:001,35
15:001,40
16:001,45
17:001,50
18:001,50
19:001,35
20:001,10
21:001,10
22:000,99
23:000,99

Nakoniec máme dátový CSV súbor z CGM systému. V podstate máme tri dátové súbory, ktoré spolu obsahujú časový priebeh piatich veličín.

Úlohou je spracovať tieto dátové súbory tak, aby všetky dáta boli na jednom mieste v rovnakej forme. Potom je ich možné triediť, vyberať časové úseky, exportovať do samostatných tabuliek, počítať priemery atď atď. V neposlednom rade graficky zobraziť (a oveľa viac samozrejme). V tomto prípade je základom spracovania knižnica pre Python s názvom Pandas.


Výsledkom je denný sumár, ktorého obrázok nasleduje:

Príspevok o ničom... ale na tomto všetkom ma najviac teší, že tento obrázok je nakreslený tak, že písmo v obrázku je rovnaké ako písmo použité na tomto blogu (máj 2014). Výmena defaultného písma za iné asi nie je nakódená tak ako by mala byť, ale aj tak...

MT

21. 5. 2014